甘甜村井底探索主要涉及绀田事话任务及神樱大祓任务的前置环节。玩家需先与绀田村村长绀田传助对话触发任务，随后按顺序收集线索物品：枯井旁的钱袋、水中的货物袋以及残破的货品清单。这些物品需根据村长提示依次提交，之后在村长家屋顶获取笔记，前往指定地点击败怪物取得老旧钥匙，才能开启井底入口。井底探索是后续鸣神岛区域解锁的关键步骤，建议优先完成。
进入井底后，需使用火系或大剑角色击碎雷元素碎石堆开辟通道。井底结构分为多层空间，包含雷灵引导、雷种子结界穿越等机制。初始区域可拾取精致宝箱，随后需跟随雷灵深入底部，途中需利用雷樱枝条召唤雷种子突破若雷屏障。在屏障后的通道内可获取神秘书页与雷神瞳等收集品，这些物品与后续任务存在关联性。
核心解谜环节位于井底最深处鸟居区域，需将镇物放入祝祷装置后调整勾玉数量。解谜顺序以正对门的灯柱为1号，按14532的序列调整石台勾玉数量，使连线图案与鸟居显示一致。完成调整后需击败出现的落武者，并与巫女花散里对话推进剧情。此阶段需注意携带护盾角色应对高伤害敌人，解谜成功后能净化被污染的树根。
任务完成后建议继续探索井底隐藏区域。鸟居右侧存在第二道若雷屏障，携带雷种子进入后可获取锈蚀钥匙与古老石板，前者用于开启后续任务中的铁门，后者是隐藏世界任务农民的宝藏关键道具。该区域还包含雷神瞳与华丽宝箱，需通过攀爬岩壁或机关开启铁门获取。井底探索整体难度适中，但需注意元素反应与解谜逻辑的合理运用。
