火影忍者系列游戏中存在大量独特的合体奥义组合，这些组合往往还原了原作中的经典羁绊或战斗场景。在火影忍者终极风暴羁绊等作品中，开发者设计了超过27种合体奥义，涵盖双人至三人组合形式。其中漩涡鸣人与日向雏田的柔步尾兽双狮拳、宇智波斑与千手柱间的意气之争等组合，均忠实再现了漫画中的标志性对决。部分组合如新·通灵三足鼎立则创新性地将第七班三人的战斗风格融合为全新招式。
游戏中的合体奥义不仅限于主角团队，晓组织成员佩恩与小南的神之火纸星、飞段与角都的联合奥义都体现了反派角色的特殊配合。特别值得注意的是历代火影组合继承的火之意志，这个三人合体技完美呈现了火影传承的主题。游戏机制上，合体奥义通常需要特定角色组合触发，如六道鸣人必须搭配轮回眼佐助才能释放六道-神罗天叫，这种设计增强了战斗的策略性和还原度。
部分合体奥义存在特殊触发条件，例如少年卡卡西与带土、琳组合的毫无缺点的三人奥义，需要特定年龄段的角色才能施展。游戏还设计了专属动画效果，如猪鹿蝶组合的奥义会呈现三族秘术的联合攻击，日向三姐妹的日向大连掌则突出柔拳法的协同作战。这些合体奥义的平均伤害系数比单体奥义高出30%-50%，但冷却时间也相应延长。
在竞技场模式中，合体奥义的使用时机直接影响战局走向。宇智波兄弟的天照·二重具有范围持续伤害效果，三忍组合的火跳风穴则附带多段控制。玩家需要注意，部分合体奥义如逆后宫色诱术虽然伤害较低，但具有特殊的战场干扰效果。根据实测数据，最优化的奥义组合顺序能提升15%左右的战斗效率。
游戏后期解锁的秽土转生系列角色拥有更复杂的合体机制，如秽土斑与带土的天插捶星需要满足血量触发条件。开发团队还为某些组合设计了隐藏语音，当鸣人与四代目共同施展尾兽连弹时会触发专属对话。这些细节设计显著提升了战斗的沉浸感，使合体奥义系统成为游戏最具特色的玩法之一。
